大阪市は、「小林製薬の紅麴含有健康食品にかかる大阪市食中毒対策本部」を設置し、３日に第１回対策本部会議を開催した。対策本部は横山英幸市長を本部長に、健康局長、保健所長、地方衛生研究所の大阪健康安全基盤研究所の職員ら総勢11人で構成。紅麹を含む健康食品に関する健康被害の事案について、必要な情報を収集し、今後の対応方針を検討することを目的に設置された。

初会合では大阪市の対応の経過について、回収を行った小林製薬の３商品の状況や、調査方針などを議題に検討が行われた。今後の対応として、流通調査を行うこと、健康被害情報の収集と原因究明を引き続き行っていく方針が示された。また、国と大阪健康安全基盤研究所と連携しながら対応に当たっていくとした。